本網(wǎng)訊  由中國水產(chǎn)科學(xué)研究院首席科學(xué)家孫效文研究員牽頭，中國水產(chǎn)科學(xué)研究院聯(lián)合黑龍江水產(chǎn)研究所、中科院基因組研究所、哈佛大學(xué)、奧本大學(xué)等單位組建的國際合作研究團(tuán)隊(duì)，完成了鯉魚全基因組序列圖譜繪制，成為國際上首個(gè)完成全面解析的異源四倍體硬骨魚類基因組圖譜。該研究成果以Article形式于2014年9月21日在國際生物學(xué)權(quán)威期刊《自然-遺傳學(xué)》（Nature Genetics）雜志在線發(fā)表（DOI 10.1038/ng.3098）。

鯉魚是全球分布和養(yǎng)殖范圍最廣泛的經(jīng)濟(jì)魚類之一，同時(shí)是我國最具代表性的淡水養(yǎng)殖魚類之一，也是我國最有條件利用基因組資源進(jìn)行品種改良的水產(chǎn)養(yǎng)殖物種之一。鯉魚基因組由100條染色體組成，是迄今完成全基因組測(cè)序的脊椎動(dòng)物中染色體數(shù)目最多的物種，其基因組經(jīng)歷了四輪復(fù)制，因此，也是迄今為止完成解析的最為復(fù)雜的四倍化脊椎動(dòng)物基因組之一。

該研究團(tuán)隊(duì)完成了雌核發(fā)育鯉魚的基因組深度測(cè)序、精細(xì)圖譜繪制和基因組注釋，其基因組由16.9億堿基組成，含有52610個(gè)功能基因，約為多數(shù)硬骨魚類基因數(shù)目的兩倍。研究團(tuán)隊(duì)從基因組尺度證實(shí)了鯉魚基因組的異源四倍體特征及其獨(dú)特的全基因組復(fù)制事件，分子鐘證據(jù)表明鯉魚基因組四倍化大約發(fā)生在820萬年前，是迄今在脊椎動(dòng)物中發(fā)現(xiàn)的最近的全基因組倍增事件。研究團(tuán)隊(duì)還開展了全球10個(gè)代表性品系（種群）33尾鯉魚的基因組重測(cè)序研究，首次繪制了全球鯉魚的單堿基分辨率基因組遺傳變異圖譜。此外，通過全基因組多態(tài)性掃描和比較轉(zhuǎn)錄組分析等手段，識(shí)別和定位了鯉魚鱗被缺失、體色決定等性狀相關(guān)的遺傳位點(diǎn)、功能基因和調(diào)控通路。

鯉魚全基因組序列圖譜的完成，標(biāo)志著鯉科魚類重要經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳解析和遺傳選育研究全面進(jìn)入基因組時(shí)代。對(duì)于解析鯉科魚類生長、品質(zhì)、抗病、抗逆等重要經(jīng)濟(jì)性狀的分子機(jī)制具有重要意義，同時(shí)也為研究脊椎動(dòng)物基因組進(jìn)化和基因衍化機(jī)制提供了寶貴的數(shù)據(jù)和模型，為開展全基因組選擇育種，培育品質(zhì)優(yōu)良的鯉魚新品種奠定了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)，具有重要的理論意義和應(yīng)用價(jià)值。