西瓜苗期主要病害有立枯病、猝倒病、葉部病害（如蔓枯病、炭疽病和細菌性葉斑病等病害）。防治立枯病，用瑞苗清噴淋;防猝倒病，用普力克噴淋，也可提前在覆土拌苗菌敵;防葉部病害，可用阿米妙收（嘧菌酯、苯醚甲環(huán)唑）+農(nóng)用鏈霉素或者用阿米西達（嘧菌酯）+世高（苯醚甲環(huán)唑）+琥膠肥酸銅。
苗期一般用藥較少，要保證良好的用藥習慣，一旦發(fā)生藥害，應及時選用蕓薹素類物質(zhì)混加點氨基酸或者腐植酸類或者海藻酸類物質(zhì)，緩解藥害。
此外，當前育苗大多數(shù)采用小育苗棚，在排濕上，可采取在棚內(nèi)行間鋪上稻殼，后墻邊放上玉米秸稈等，不僅可以增強棚室的保溫性，還可以調(diào)控棚內(nèi)的濕度。在夜間或天氣不好無法通風造成棚內(nèi)濕度過大時，秸稈可以吸收空氣中過多的水汽，減少空氣濕度和棚膜結(jié)露，從而減少病害侵染、傳播的可能。到了晴朗的白天，秸稈又會將吸收的水汽蒸發(fā)出來而變干，重新發(fā)揮作用。