1.省級農(nóng)業(yè)行政主管部門組織完成無公害農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)地認定(包括產(chǎn)地環(huán)境監(jiān)測)，并頒發(fā)《無公害農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)地認定證書》。
2.無公害農(nóng)產(chǎn)品省級工作機構接收《無公害農(nóng)產(chǎn)品認證申請書》及附報材料后，審查材料是否齊全、完整，核實材料內容是否真實、準確，生產(chǎn)過程是否有禁用農(nóng)業(yè)投入品使用和投入品使用不規(guī)范的行為。
3.無公害農(nóng)產(chǎn)品定點檢測機構進行抽樣、檢測。
4.農(nóng)業(yè)部農(nóng)產(chǎn)品質量安全中心所屬專業(yè)認證分中心對省級工作機構提交的初審情況和相關申請資料進行復查，對生產(chǎn)過程控制措施的可行性、生產(chǎn)記錄檔案和產(chǎn)品《檢驗報告》的符合性進行審查。
5.農(nóng)業(yè)部農(nóng)產(chǎn)品質量安全中心根據(jù)專業(yè)認證分中心審查情況再次進行形式審查，符合要求的組織召開“認證評審專家會”進行最終評審。
6.農(nóng)業(yè)部農(nóng)產(chǎn)品質量安全中心頒發(fā)無公害農(nóng)產(chǎn)品證書，核發(fā)無公害農(nóng)產(chǎn)品標志，并報農(nóng)業(yè)部和國家認監(jiān)委聯(lián)合公告。