其病原菌為異形葡枝霉，屬于半知菌類。其菌絲白色，有隔，分枝。分生孢子梗直立，有隔，反復輪狀分枝，產孢細胞近圓柱形，基部寬，末端漸細，頂部鈍。分生孢子橢圓形，雙孢，少數為單孢。培養(yǎng)15天后可產生厚壁孢子，呈鏈狀，有的厚壁孢子基部可分叉，基部具透明短柄或長柄。
病害癥狀為：染病初期，在菌袋或菌床的培養(yǎng)料表面出現白色菌絲體，當溫度、濕度條件適宜時擴展速度很快，不久，白色絮狀的菌絲便可覆蓋整個培養(yǎng)料表面，即病菌的菌絲、分生孢子梗及分生孢子。幼小菇蕾受該病菌包圍侵染后，不能繼續(xù)生長而呈淡褐色死亡，成長的子實體則引起菌柄基部呈淡褐色水漬狀腐爛，病菌棉絮狀氣生菌絲可向上擴展到菌蓋處。菌柄基部腐爛后病子實體倒伏，上面長滿白色菌絲，完全失去經濟價值，如不及時處理，不能再形成子實體，培養(yǎng)料會呈濕腐狀變質。
軟腐病病原菌平時可生活在有機質豐富的土壤中及死亡的有機物質上。采用生料床栽或箱栽金針菇時，使用了不清潔的水拌料極易發(fā)生此病。熟料袋栽或瓶栽時，培養(yǎng)料經過了滅菌處理，第一批菇很少發(fā)病，第2-3批菇由于補水和菇房保濕噴水或空氣中漂浮的分生孢子沉降到培養(yǎng)料上，在氣溫偏高和濕度過大以及通風不良的條件下，有利于此病的發(fā)生，其病害一旦發(fā)生后，其傳播的速度很快。
該病菌在金針菇基部侵染，菌柄變褐并腐爛。進而向上發(fā)展覆蓋整個子實體，被害處呈水浸狀并逐漸變成褐色狀軟腐。該病菌也長期存活于土壤中，一般通過氣流、人體、工具及昆蟲進入菇棚，10℃左右即可發(fā)生危害，尤其在初春季節(jié)，當氣溫逐漸升高，相對空氣不良時，發(fā)生的速度極快，危害也隨之加重。
防治方法：
1：搞好菇房內外的環(huán)境衛(wèi)生和使用未受病菌污染的清潔水進行拌料及菇房管理用水；
2：出菇盡可能的控制較低的菇房溫度和進行適當通風，防止培養(yǎng)料表面積水；
3：一旦發(fā)生病害時，要及時清除并噴灑1：200倍的"施耳康"藥液，可有效控制軟腐病的蔓延；采用生料栽培時，按每噸干料加入600毫升（3瓶）"施耳康"的比例拌料。