菠蘿與芒果、香焦一樣，對低溫較敏感，但不同的是菠蘿屬無呼吸高峰型果品，沒有明顯的成熟變化。菠蘿果實的貯藏性與采收成熟度關系很大，成熟度愈高，菠蘿的耐貯性越差。但未成熟的果買肉質堅硬而脆，缺乏果實固有的風味。一般八成熟左右的菠蘿最適于貯藏和遠運。菠蘿果實的耐藏性與貯藏條件關系也甚為密切。菠蘿易受冷害，在7℃以下即有冷害的危險，果實遭受冷害后的癥狀是：果色變暗，果肉呈水漬狀，果心變黑，當果實從貯藏庫中移出時特別易受病菌侵染而腐爛。若在常溫下用普通棚車裝載的可作4～5天短途運輸，若需遠運，則需進行化學藥劑殺菌處理，或采用冷藏車進行控溫貯運。
運適宜條件為：溫度10℃左右，相對濕度85％～95％，在此條件下，因品種不同貯藏期可達2～4周。若在7℃，含氧量2％的氣調條件下貯藏，可抑制霉菌，改善果實外觀，達到較好的保鮮效果。