種質(zhì)資源所農(nóng)作物種質(zhì)資源收集保護(hù)和評(píng)價(jià)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)在綠豆（Vigna radiata）基因組組裝及馴化機(jī)制研究上取得新進(jìn)展。研究論文“Telomere-to-telomere, gap-free genome of mung bean （Vigna radiata） provides insights into domestication under structural variation”近日在園藝學(xué)頂級(jí)期刊《Horticulture Research》（中科院一區(qū)Top，IF=7.6）在線發(fā)表。
綠豆是全球重要的一年生豆科作物，具有生長(zhǎng)周期短、投入需求低及營(yíng)養(yǎng)豐富等優(yōu)勢(shì)。綠豆經(jīng)過(guò)長(zhǎng)期馴化，其形態(tài)和生理演化的遺傳機(jī)制未被完全揭示。本團(tuán)隊(duì)通過(guò)整合PacBio HiFi、Oxford Nanopore和Hi-C測(cè)序技術(shù)，首次實(shí)現(xiàn)了“濰綠9號(hào)”綠豆品種的端粒到端粒（T2T）、無(wú)缺口的基因組組裝。500 Mb的基因組包括11條染色體和28,740個(gè)蛋白編碼基因，揭示了基因組中49.17%的重復(fù)序列。研究發(fā)現(xiàn)，轉(zhuǎn)座子元素的近期擴(kuò)增顯著影響了鄰近基因的表達(dá)。此外，通過(guò)整合結(jié)構(gòu)變異（SV）和單核苷酸多態(tài)性（SNP）數(shù)據(jù)，識(shí)別出脂肪酸合成、亞油酸生物合成及苯丙氨酸代謝過(guò)程在馴化過(guò)程中經(jīng)歷了強(qiáng)烈選擇。這些發(fā)現(xiàn)為解析綠豆馴化遺傳機(jī)制、品種改良和新品種選育奠定了基礎(chǔ)。
種質(zhì)資源所賈凱華博士為該論文第一作者，李娜娜研究員和李冠博士為通訊作者。研究得到了山東省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)雜糧產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系、山東省農(nóng)業(yè)良種工程、國(guó)家自然科學(xué)基金、山東省自然科學(xué)基金和山東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新工程的支持。
栽培綠豆和野生綠豆群體基因組變異。栽培群體和野生群體私有SV（A）和SNP（B）數(shù)量；（C）不同變異水平與基因表達(dá)的關(guān)系；（D）栽培群體和野生群體高分化區(qū)域11個(gè)顯著差異基因的基因表達(dá)；（E）栽培群體和野生群體間XP-CLR分析；（F）前5%XP-CLR識(shí)別位點(diǎn)涉及基因的富集分析。
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?。ㄗ澹嘿Z凱華 核稿：張正）
